С окупацией можно бороться несколькими способами, основной конечно же это просто взять и ввести в регион где вы захватили, для того что бы сокращать площади сопротивления необходимо с войсками еще что бы была военная полиция, она очень хорошо помогает бороться с сопротивлением. Кроме этого можно немного мягче сделать оккупационную политику, специально для того что бы люди не бунтовали. Ну и конечно же есть дипломатия на данном этапе.