Скорее всего джойстик не будет сохранен когда вы его отключите или же выйдите с игры в такой старой версии игры нету функции сохранения другой периферии. Хотя попробовать стоит, ты когда настроил его нажми сохранить и потом смени на клавиатуру управление и опять же измени на геймпад и потом смотри сохранилось или нет. А так согласен каждый раз настраивать это такое себе удовольствие думаю я. Так, что удачи в настройке.