Совершенно тем же способом, что и в просто Bioshock. Самой структуры уровней ремастеринг не коснулся (в отличие от графики, за что разработчики удостоились не одной тонны гнилых томатов от пришедших в ярость ценителей оригинальной игры). Указанные вами части составляют чуть ли не четверть всей игры, на их протяжении выполняется тьма миссий и образуются горы трупов, в двух словах это неописуемо, касательно же деталей советую вчитаться в другие представленные в этом блоке вопросы и поискать ответы там.