Доброго времени суток, ну вообще если это модификации которые можно скачать в стиме то удалять их само собой нужно там, но это же только тот случай если ты покупал игру лицензионную и используешь тоже всё в пределах стима. Если же такой вариант как игра у тебя скачана просто из интернета и ты не отдал за неё ни копейки и устанавливал в неё моды, значит там должна быть папка в игре установленной модс, вот попробуй её удалить и готово.