К сожалению бороться с чумой очень сложно и необходимо что бы войско ваше переболело, также вы должны придерживаться как говорится одного правила, нельзя контактировать с другими войсками и не заходить в город. Кроме этого что бы дальше чума не распространялась лучше отвести свое войско на корабле в море таким образом у вас не будет возможности заразить другие города. И самое главное что через несколько ходов чума сама пройдет.