Репутация бывает разных типов, например если вы спасаете мирных жителей в игре вы получаете репутацию героя, а если вы делали что-то плохое то и репутация у вас будет плохая, но это совсем не означает что это будет вам мешать в процессе игры, скорее всего наоборот, если у вас плохая репутация вы сможете в диалогах с персонажами их запугивать, и если шкала репутации хорошо прокачана, то запугивание у вас будет успешно получаться.