Видимо вы только начали своё знакомство с linux, за любой операционной системой надо следить что бы не было засоров и ненужного - дистрибутив linux fedora не исключение, есть конечно специализированные утилиты, можно и своими силами, в общем для надлежавшего порядка запомните эти шаги:
Для очистки корзины - правой кнопкой по Наутилусу и очищаете корзину.
Для очистки кэша обновлений - в терминале набираете последовательность
sudo dnf clean all
Реестр чистить не надо.
Что касается непосредственно старых ядер - в федоре по умолчанию стоит хранение 3 старых ядер, я рекомендую ввести следующую команду - после которой их будет хранится 1, так отпадёт надобность в чистке от старых ядер.
sudo sed -i 's/installonly_limit=3/installonly_limit=1/' /etc/dnf/dnf.conf
Как выгодно покупать доллары? Анализ стратегий и статистики за 25 лет