Здравствуйте! Для того, чтобы запустить игру Assassins Creed Rogue повторно со всеми новыми улучшениями(если они у вас не обновились стандартным способом) вам нужно прокачать нужные улучшения, сохраниться стандартным способом, дальше вам нужно выйти из игры Assassins Creed Rogue и зайти заново, у вас тогда точно обновятся все нужные новые улучшения, это распространенный баг, но по моему, его уже пофиксили в новой версии игры.