Прежде всего в таком деле нужно убедится, что он припаркован этот корабль правильно так сказать и достигает нужного берега и может принять в себя войска. Это показывается так когда он готов там нижняя доска такая лежит на земле и как бы открыта для погрузки. И потом уже выбираешь нужное количество войск и просто нажимаешь на него ЛКМ (левая кнопка мыши) и после этого они будут туда заходить. Имей ввиду, что количество ограничено и лучше построить сразу несколько кораблей.