Здравствуйте! Тут всё зависит от того, как эти моды устанавливались, потому как есть моды которые устанавливаются как дополнение, то есть их потом можно найти в стандартном меню установки и удаления программ, и затем оттуда их удалить без последствий, а есть и такие где надо вручную что-то копировать, заменять и так далее, в таком случае будет лучше удалить целиком игру и затем поставить её без модов, так сэкономите нервы.