Тут возможно много объяснений (но большая часть из них относятся к различным форумам, т.к. на официальном сайте игры по этому поводу ничего нет): Возможно собака была ранена в стычке с одним из монстров игры. Так же есть версия, что она хромала с самого начала, когда была с главным героем, просто вы этого не замечали. Ну и последний вариант - собака и её поведение зависит от типа прохождения самого главного героя. При негативном и в собаке будет негатив, если же персонаж "хороши", то и собака чувствует себя лучше.