Для управления модификациями разработчиками создан отдельный пункт меню, где можно либо отключить их, либо полностью удалить. В некоторых случаях может понадобится самостоятельное удаление через папку с игрой. В платной версии же проще, ибо делается все через Steam, прямо перед запуском игры. Для этого просто снимите галочки с дополнений, которые хотите отключить. Если есть желание удалить их - достаточно нажать на них и выбрать соответствующий пункт.