Защититься от пиратов вы можете следующими способами.
Первое, это маскировка, вы можете замаскироваться под тех же самых пиратов или просто в море не шуметь, тогда другие корабли не будут вас видеть. Также хорошо подходит смена флага на любой другой нейтральный народ, на который пираты не нападают. Такие флаги и маскировку можно приобрести в порту в специальном магазине для кораблей, там же где и оружие на эти корабли.