В doom 3 всего двадцать семь уровней, включая четырех босов. Они очень большие и занимают много времени в прохождении, не меньше часа у профи. Туда входят : вступление (Марс сити 1), подземный Марс сити, Марс сити во время вторжения, администрация, комплекс Альфа (по секторам) - всего 4 сектора, завод enpro, транспортный узел, узел связи, эстакада монорельса, перерабатывающий завод (сектор 2), монорельс, комплекс Дельта (5 секторов), главный процессор, центральные северные базы, третья площадка, пещеры (зоны 1 и 2) и наконец, вы добираетесь до адской дыры, где должны победить основного босса.
