В Watch Dogs весь игровой сюжет строится на борьбе преступных группировок города Чикаго против той системы, которая полностью контролирует весь этот город. Именно эта система контролирует не только государственные предприятия, но и каждого жителя города, убивая ненужных. Главный герой-хакер пирс, создав систему профайлер, стал главным противником системы, поскольку созданная им профайлер способна взламывать глобальную систему города.