Здравствуйте! Я когда проходил игру тоже столкнулся с этой проблемой и понял что большая часть ящиков становятся открытыми позже, либо после прохождения игры. То есть если вы встречаете ящик и он закрыт, то на него тратить время не стоит, просто проходите мимо, вероятно вам ещё придётся бродить по этой локации и потом скорее всего он будет открыт. А после первого прохождения и начав новую игру со всеми плюшками, обычно все ящики открыты.