Здравствуйте! Чтобы не убивать Рекса, можно прибегнуть к навыкам обаяния и устрашения, только для этого надо будет восемь очков, в этом случае получится убедить его что уничтожение лаборатории в интересах кроганов. Также его можно убедить без навыка, но для этого надо помочь ему вернуть семейную броню, тогда он положится на вас и не будет протестовать. Там есть ещё пару способов, но я их уже не помню, при желании можете почитать на вики.