Модифицировать вертолет вы можете в своем ангаре. Там где вы храните свою технику. Чтобы модифицировать вертолет разными прибамбасами вам нужно для начала их добыть.
Разного рода модификации можно либо скрафтить, либо отобрать или заработать в игре. Чем лучше прокачана ваша техника, тем проще вам будет проходить миссии в игре. Прокачивайте свой вертолет прежде всего в броне и в оружии, это самое необходимое, потом все остальное.