В русской локализации Sheltered действительно есть небольшая проблема с "улучшением системы". Когда персонаж говорит о том, что можно улучшить систему это может обозначать что угодно, от простого улучшения верстака до улучшения системы обеспечения кислородом или очищением воды. Поэтому рекомендую перепроверить все строения, а так же заранее понимать что хотите улучшать, а что нет. Некоторые улучшения не сильно нужны, по типу той же воды на средних и ниже уровнях сложности игры, так как это пустая трата ресурсов.