Игра X-COM имеет две концовки: одну плохую и одну хорошую. Игра заканчивается тем, что один из ваших персонажей жертвует собой, спасает человечество, уничтожив корабль, который должен был превратиться в Черную Дыру и поглотить Землю, или закончиться тем, что инопланетяне захватывают разум членов Совета, проект X-COM теряет поддержу Совета. В итоге проект борьбы с инопланетными захватчиками закрывается.