Сохранения игры Machinarium могут пропадать из-за того, что путь к сохранениям игры содержит кириллицу, которую она просто "не понимает". Проще всего создать нового пользователя на Windows на латинице или же попытать удачу и изменить имя пользователя через реестр, хотя я бы не стал рисковать, так ка это может привести к потери всех сохранений в остальных играх, важных документов, изображений, которые сохранены на диске C и повреждению самою операционной системы.